La baia di Humboldt è situata nella Contea di Humboldt, sulla costa californiana degli Stati Uniti d'America.
Si tratta dell'unica baia profonda che è possibile trovare tra San Francisco e la baia di Coos, in Oregon. Malgrado si tratti del migliore porto naturale lungo una costa di più di seicento miglia, restò ignota fino ad epoca recente, in quanto è estremamente difficile da scorgere dall'oceano. Infatti è collegata all'Oceano Pacifico tramite un passaggio molto stretto e pericoloso, in più quella parte della costa è spesso nascosta da nebbie.
Le città di Eureka e di Arcata sorgono nelle vicinanze della baia.