A Baía de São Francisco (em inglês: San Francisco Bay) é um estuário raso e fértil que drena cerca de 40% dos cursos de água da Califórnia, que, fluindo através do rio Sacramento e do rio San Joaquin a partir das montanhas da Sierra Nevada, entram no oceano Pacífico. Tecnicamente, ambos os rios desaguam na baía de Suisun, a qual desagua no estreito de Carquinez para se unir ao rio Napa na entrada da baía de São Paulo, a qual conecta-se em sua extremidade sul à Baía de São Francisco, embora todo o grupo de baías interligadas seja muitas vezes citado como "Baía de São Francisco".
A Baía de São Francisco está situada na Califórnia, Estados Unidos, cercada por uma região contígua conhecida por Área da Baía de São Francisco, a qual é dominada por grandes cidades como São Francisco, Oakland e São José. Possui cerca de 30 metros de profundidade.
O estreito que drena a Baía de São Francisco para o Pacífico designa-se por Golden Gate.
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